تنوع ژنتیکی موجود در کاندورهای کالیفرنیا، که همه آنها فقط از 14 فرد منشاء می گیرند، به طرز چشمگیری کم است. اما آیا کندورها قبل از سقوط جمعیت در قرن بیستم از نظر ژنتیکی متنوع‌تر بودند یا همانطور که یکی از دیرینه‌شناسان در دهه 1940 بیان کرد، قبلاً یک بقایای پلیستوسن با "یک بال در گور" بودند؟ محققین پشت یک مطالعه جدید در The Condor: Ornithological Applications نمونه هایی از نمونه های موزه کندور را که قدمت آنها به دهه 1820 باز می گردد، تجزیه و تحلیل کردند و دریافتند که جمعیت تاریخی به طرز شگفت انگیزی متنوع است، اما مقدار قابل توجهی از این تنوع در دو قرن گذشته از بین رفته است.این یافته از این فرضیه پشتیبانی می کند که کندورها قبل از افزایش مرگ و میر ناشی از انسان بسیار گسترده و فراوان بودند، که احتمالاً تعداد آنها را در دهه 1800 و اوایل دهه 1900 به سرعت کاهش داد.
جسی دیلیا از سرویس ماهی و حیات وحش ایالات متحده و همکارانش با تجزیه و تحلیل DNA میتوکندری نمونه‌های موزه نشان دادند که بیش از 80 درصد از هاپلوتیپ‌های منحصربه‌فرد موجود در پرندگان گذشته از استخر ژنی ناپدید شده‌اند. از کندورهایی که امروز زنده هستند میزان کم تنوع ژنتیکی در جمعیت فعلی، که تنها از 14 بنیانگذار ژنتیکی از گله اسیر می باشد، قبلاً به خوبی شناخته شده بود، اما این اولین مطالعه ای بود که نشان داد تنوع ژنتیکی قابل توجهی در جمعیت تاریخی وجود دارد.
D'Elia و همکارانش از نمونه های بافتی از 93 نمونه کندور کالیفرنیا استفاده کردند که بین سال های 1825 و 1984 در مکان هایی از مکزیک تا ایالت واشنگتن جمع آوری شده بودند. D'Elia می‌گوید: «ارزش مجموعه‌های موزه برای پاسخ به سؤالات مهم هنگام بررسی جابه‌جایی جمعیت و معرفی مجدد گونه‌ها قابل اغراق نیست."آنها دریچه ای مستقیم به تاریخ یک جمعیت ارائه می دهند و با ادامه توسعه ابزارهای ژنتیکی و ژنومی جدید، ارزش این نمونه ها تنها افزایش می یابد."
گلوگاه ژنتیکی منجر به همخونی و کاهش تناسب اندام شد و کندورها برای مدتی برای بهبودی نیاز به مدیریت شدید دارند. اما در نتایج این مطالعه یک جنبه مثبت برای حفاظت از کندور وجود دارد - D'Elia و همکارانش هیچ مدرکی مبنی بر اینکه جمعیت ناپدید شده شمال غرب اقیانوس آرام از نظر ژنتیکی از کندورها در کالیفرنیا جدا شده است، پیدا نکردند. اگر کندورهای شمال غربی در یک مسیر تکاملی جداگانه نبودند، دلیلی وجود ندارد که کندورهای امروزی را که در اسارت پرورش داده شده‌اند در آن مناطق اشغال نشده محدوده تاریخی خود رها نکنید.
به گفته جف جانسون از دانشگاه تگزاس شمالی، کارشناس ترکیب اطلاعات ژنتیکی، این نتایج کاهش قابل توجهی در تنوع DNA میتوکندری در قرن گذشته را نشان می دهد، که همچنین کاهش متناظر در تنوع DNA هسته ای را نشان می دهد. به تلاش های حفاظتی"بنابراین، توجه دقیق به حفظ دودمان بنیانگذار و جلوگیری از همخونی برای بهبود احتمال تولید یک جمعیت وحشی خودپایدار نهایی بسیار مهم است. کسانی که در تلاش های بازیابی کندور کالیفرنیا دخیل هستند، متخصصان برجسته در تکثیر و رهاسازی در اسارت و روش ها هستند. توسعه یافته و مورد استفاده، به ویژه آنهایی که از رویکردهای کل ژنوم هسته ای بهره می برند، اهمیت حفظ تنوع ژنومی موجود را هم در سطح فردی و هم در سطح جمعیت تأیید می کند.
